Das Bordwaffensystem der Mirage 2000-5 besteht aus zwei DEFA 554 Maschinenkanonen mit je 125 Schuss im Magazin. Weiters können an neun Aufhängungspunkten (fünf unter dem Rumpf, und zwei je Flügel, drei davon auch für zusätzlichen Treibstoff) insgesamt 6.300 kg Außenlasten mitgeführt werden.
Die typische Luftkampfbewaffnung der Mirage 2000-5 besteht aus zwei Matra Magic 2 an den äußeren Flügelstationen und zwei Matra Mica bzw. Matra 530D an den inneren Flügelstationen. Alternativ dazu können Matra Magic 2 an jeder Flügelstation und Matra Mica bzw. Matra 530D mit Ausnahme der zentralen Rumpfstation an allen Stationen mitgeführt werden.
In bis zu 3 Tanks (Stationen 2,5,8) kann die Mirage 2000 bis zu 5.300 Liter zusätzlichen Treibstoff mitführen.
Standard ist ein Tank 1.300 Liter (1.045 kg) Treibstoffinhalt auf Station 5.
Zusätzlich kann je ein Tank mit 1.700 Liter (1.367 kg) oder ein Tank mit 2.000 Liter (1.608 kg) an den Stationen 2 und 8 mitgeführt werden.